◎ 91년 명동성당 농성 사건(집시법 등 적용)
91년 4월 강경대 타살사건 등으로 노태우 정권이 심각한 위기상황으로 내몰린 정국에서 5월 8일 김기설 씨의 분신자살 사건이 발생했다. 이때 공안당국은 김기설 씨의 죽음을 '강기훈 유서대필사건'이라고 조작해 재야운동권에 타격을 입힘으로써 정국의 반전을 꾀하고 나섰다. 이에 서준식 씨 등 각계 인사들은 강기훈 씨가 유서를 대필하지 않았다는 여러 증거를 제시하며 한달여 동안 명동성당에서 농성을 전개하면서 검찰과 대치했다. 명동성당 농성을 마친 뒤 경찰에 자진 출두한 서준식 씨는 '강경대 씨 장례행렬에 따라가는 등 집시법을 위반했다'는 혐의와, '88년 출소 후 2년여 동안 보안관찰피처분자로서 신고의무를 따르지 않았다'는 보안관찰법 위반 혐의로 구속기소됐다. 외양은 집시법 및 보안관찰법 위반 혐의였지만, 그 내막은 유서대필사건에 저항한 것에 대한 '괘씸죄'였다. 서 대표는 당시 6개월간 구속수감됐으며, 구속만료기간이 다 될 즈음 1심 선고가 내려져 징역 1년에 집행유예 2년을 선고받았다.
◎ 97년 인권영화제 사건(국보법 등 적용)
97년 9월 24일-10월 3일 홍익대학교에서 제2회 인권영화제가 개최됐다. 당국이 홍익대 주변에 전투경찰을 배치해 삼엄한 검문검색을 실시하고 학교측 역시 상영장의 전원을 차단하는 등, 1회 때와는 비교할 수 없을 정도의 탄압이 가해졌다. 그리고 그해 11월 4일 서울시경 보안수사대는 서준식 대표를 구속했다. 검찰의 기소 사유는 영화제에서 상영한 '레드헌트'가 이적표현물(국보법 위반)이고, 홍익대측의 허락없이 영화상영을 강행(주거침입죄)했으며, 거기에 덧붙여 보안관찰법 상의 신고의무를 이행하지 않았다는 것이었다. 이 사건으로 서 대표는 2개월여간 구속수감됐고, 역시 1심에서 집행유예를 선고받았다.