호주제도는 남성에게 호주가 되는 우선적인 지위를 부여하고 가족의 다른 구성원을 호주에게 종속시켜 평등권을 침해한다는 비판이 제기돼왔다. 또한 현행 호적제는 호주를 중심으로 일가를 이루는 사람들의 신분상황을 표시하게 돼 있어 같은 문제가 이어진다. 결혼하면 부인은 남편 일가의 호적에, 자녀는 아버지 일가의 호적에 기재하게 돼 있는 것이 대표적인 문제. 이로 인해 특히 부모가 이혼하거나 재혼한 자녀, 미혼모의 자녀, 혼인 외의 관계에서 태어난 자녀 등은 실질적인 어려움에 처하곤 한다