새정부의 사면조치에 관심을 가져왔던 국제인권단체에서도 3·13사면조치에 대해 '실망'을 표시하고 나섰다.

13일 국제앰네스티는 성명을 발표해 "일부 정치범의 석방은 환영할 만한 일이지만, 너무 많은 양심수가 제외된 것에 실망을 금할 수 없다"고 밝혔다. 앰네스티는 또 "많은 장기수가 좌파적 견해를 가졌다는 이유로 제외된 것에 깊은 우려"를 표명하면서, "그동안 앰네스티가 제시한 양심수의 명단은 단지 사례일 뿐"이라고 주장했다.

일본 「재일한국인 정치범 지원을 위한 전국회의」도 "재일 한국인 정치범인 손유형, 김병주 씨와 일본관련 사건의 유정식, 박창희 씨의 석방을 기쁘게 생각하지만, 서순택·김장호 씨 등을 비롯한 5백명 가까운 정치범들이 사면에서 제외된 것에 실망을 금할 수 없다"는 내용의 성명을 발표했다.