■ 인권위원회를 법무부의 보조기구화
인권위원회가 인권업무에 대해 국가기관의 활동을 보완(제2조 제2항)하도록 하고, 인권업무를 담당하는 국가기관이 법무부로 명시(제6조)되어 있기 때문에 결국 인권위원회는 법무부의 업무보조 기구로 한정되는 것이다.
위원회의 모든 활동을 법무부 장관에게 통보(제65조)하게 하고, 위원회와 별도로 법무부가 인권보고서를 작성(제6조 제2항)할 수 있게 해 위원회의 독립성을 저해하고 있다.
특히 설립위원 위촉과 최초의 정관 인가, 대통령령에 의해 제․개정되는 주요사항을 법무부 장관에게 위임토록 해 법무부의 강한 영향 아래 놓이게 했다.
■ 인권위원회의 조사범위와 조사거부
조사범위를 8가지로 한정시키고 환경권, 주거권, 교육권 등 사회권적 기본권과 재소자의 인권, 표현의 자유, 집회․시위에 대한 자유 등은 조사대상에서 누락되어 있다. 반면 국익을 해칠 우려․수사 방법상 기밀 누설 우려․ 명예나 사생활 침해의 우려 등 자의적 해석이 가능한 부분에 있어 조사기관이 조사자체를 거부할 수 있게 했다.
더불어 위원회의 권한이 '시정명령'이 아닌 '시정권고'로 축소되어 사실상 인권개선 효과를 거두기 어렵게 되었다.