국가보안법이나 그 외에 일정한 형법, 군형법상의 일부죄목에 의하여 처벌받은 사람들은 법률에서 정한형이 모두 집행되고 석방되더라도 다시 보안관찰이라는 이름으로 사상, 양심의 자유에 심각한 제한을 받게 된다.

즉 위 사람들 중 “보안관찰해당범죄를 다시 범할 위험성이 있다고 인정할 충분한 이유가 있어 재범의 방지를 위한 관찰이 필요한 자”에 대하여는 검사의 청구에 의하여 법무부소속의 “보안관찰처분심의위원회”의 의결을 거쳐 법무부장관이 2년 동안의 보안관찰 처분을 할 수 있고, 그 기간을 갱신할 수 있다. 보안관찰 처분을 받은 사람은 자신의 이적사항과 가족의 재산상황, 3개월마다 주요활동사항 등을 관할 경찰서장에게 신고하도록 되어 있고, 10일 이상의 여행을 떠날 때에도 신고를 해야 하고, 일정한 자와의 통신금지, 집회시위장소에서의 출입금지, 특정한 장소에의 출석지시 등을 받게 된다.

다만 법무부 장관은 준법정신이 확립되어 있다고 판단되고, 일정한 주거와 생업이 있고, 2인 이상의 신원보증이 있는 경우에 한해서 보호관찰면제결정을 할 수 있는데, 보호관찰면제결정을 신청하려는 보호관찰처분 대상자는 “법령을 준수할 것을 맹세하는 서약서”를 제출하여야 한다.

즉, 이같은 보안관찰제도는 사법부의 판단없이 법무부 장관의 결정만으로 자신의 범죄행위에 대하여 처벌받은 사람에게 양심에 반하는 신고의무를 부과하고, 주거를 결정하고 이동할 자유를 침홰하고, 다른 사람과 만나거나 통신을 자유를 침해한다는 점에서 시민․정치적 권리조약 제12조, 제17조, 제18조를 명백히 침해하고 있다.

그럼에도 불구하고 헌법재판소는 97년 11월 27일 “보안관찰처분은 대상자의 내심의 자유를 문제삼는 것이 아니라 보안관찰처분 대상자가 보안관찰해당범죄를 다시 저지를 위험성이 내심의 영역을 벗어나 외부에 표출되는 경우에 재범의 방지를 위하여 내려지는 특별예방적 목적의 처분이므로 이 법상의 보안관찰처분이 양심의 자유를 보장한 헌법규정에 위반된다고 할 수 없다”고 하였다.