대표적인 족벌체제로 유명한 상지대에서 학원 자주화운동이 본격화된 것은 지난 92년부터다. 92년9월1일 교수협의회 소속 박정원(경제학과)교수가 재임용에서 탈락한 사건을 계기로 총학생회와 교수협의회가 부당징계 철회, 재단비리척결 등을 요구하며 기나긴 투쟁에 돌입하게 된다. 92년 11월18일 학생 2천명, 교수 1백명이 ‘상지학원 정상화를 위한 대토론회’를 열고 본관 점거투쟁 돌입, 몇차례에 걸친 상경투쟁등을 전개하면서 상지대 재단의 비리를 폭로하고, 이를 여론화하는데 성공하게 되었다. 이후 김영삼 정권의 등장 이후 여론을 의식해 김문기 전이사장은 93년 3월말 재단비리와 땅투기 등의 혐의로 전격 구속된다.

이후 교육부가 일방적으로 관선이사 7명을 파견하였으나, 이들은 학내비리척결을 요구하는 교수협과 총학생회측과 사사건건 충돌하게 되었다. 이에 교수협과 총학생회측은 대다수 교수와 학생의 서명을 받아 93년8월30일 김찬국 전 연세대 부총장을 총장으로 영입하게 된다.

이후 전 이사장 김문기씨는 재단재산을 되찾기 위하여 민사소송을 제기, 결심공판을 남겨놓고 있다. 한편, 교육부는 지난 1월과 4월 두차례에 걸쳐 감사를 실시하여 재단비리와 관련된 3명의 교수들에 대한 중징계를 요구했고, 김총장에 대해서는 경징계를 요구한 바 있다. 그러나, 재단이사회 징계위원회는 교육부의 요구와는 반대로 재단비리 관련 교수에 대해서는 정직 3개월씩의 경징계를, 김총장에 대해서는 해임을 결의하는 어처구니없는 행태를 보였다.