국내 구제절차를 모두 거친 양심에 따른 병역거부자가 유엔자유권위원회(인권이사회)에 개인청원을 제출했다. '양심에 따른 병역거부권 실현과 대체복무제도 개선을 위한 연대회의' 이석태 공동집행위장은 "이번 개인청원 제출로 유엔자유권위원회의 '양심에 따른 병역거부 인정' 권고를 이끌어냄으로써 국내 대체복무제 도입을 앞당길 수 있을 것"이라고 의의를 밝혔다.

종교적 신념에 따라 병역을 거부한 최명진 씨, 윤여범 씨는 병역법 위반으로 기소돼 각각 2004년 7월 15일, 22일 대법원으로부터 1년 6개월 형을 선고받고 현재 성동구치소에 수감돼 있다. 이들은 국내 사법적 구제절차를 모두 거쳤으나 구제되지 못하고 결국 유엔자유권위원회에 개인청원을 제출하게 되었다. 유엔인권위원회는 1989년 제59호 결의를 통해 양심에 따른 병역거부권이 세계인권선언과 자유권 규약으로부터 도출되는 권리라고 결정했다. 유엔자유권위원회도 1993년에 채택한 일반논평을 통해 '병역거부권'의 법적 기초를 확정했다.

개인청원 제도는 규약 상의 권리를 침해당한 피해자가 규약이행 감시기구인 자유권위원회에 직접 통보해 권리 구제를 요청하고 규약 당사국에 책임을 묻는 제도다. 개인청원이 접수되면 자유권위원회는 관련 당사국에 서면답변서 제출을 요구할 수 있고, 관련 당사국은 6개월 이내에 설명서 또는 진술서를 제출해야 한다. 자유권위원회는 권리침해 여부와 권리구제를 위한 조치들을 결정하여 당사국에 통지하고, 경우에 따라 관련 당사국에 처벌을 유예할 수 있는 '잠정조치'를 취할 수도 있다. 한국 정부를 상대로 자유권위원회가 '규약 위반'으로 결정, 조치를 통보한 경우는 김근태 씨, 강용주 씨, 신학철 씨를 포함해 2004년 8월까지 모두 5건이 있다.

헌법은 정부가 가입 및 공포한 국제인권규약이 국내법과 동일한 효력을 갖고 있다고 규정하고 있다. 하지만 정부는 유엔인권위에서 병역거부권 인정 결의안에 찬성표를 던져왔으면서도 국내에서는 이를 일관되게 무시해 왔다. 국가인권위원회는 2003년 12월 개인청원 제도의 결정을 이행하는 특별법안을 마련하도록 국무총리, 외교통상부, 법무부에 권고한 바 있다. 한편 열린우리당 임종인 의원을 비롯한 22명의 의원들은 9월 22일 대체복무제를 도입하는 병역법 개정안을 발의, 현재 국회 논의를 앞두고 있다.