이 위기를 모면하기 위해 기획되었던 것이 유서대필 조작사건이다. 유서대필 조작사건은 당시 고위당정회의에서 분신 배후 수사 방침을 밝히고 치안관계장관회의에서 분신 배후에 대한 수사를 결정하면서 검찰 강력부에 의해 조작된 사건이다. 그 직전 서강대 박홍 총장은 "죽음을 부추기는 어둠의 세력이 있다"고 했고, 김지하란 시인은 조선일보에 "죽음의 굿판을 당장 걷어치워라"라고 썼다. 언론들은 "운동권에서는 제비뽑기로 분신할 사람을 결정한다"고 기사로 쓸 정도였다.
김기설 씨의 분신 이후 검찰은 강기훈 씨를 유서대필자로 지목하고 강 씨의 필적과 김 씨의 필적을 국립과학수사연구소(아래 국과수)에 감정 의뢰했다. 국과수 문서분석실장 김형영(그는 다른 사건의 허위감정이 들통 나 사기죄로 구속되기도 했다)은 3명이 쓴 전민련 업무일지도 강 씨 혼자 쓴 것으로 판정하는 등의 엉터리 감정 결과를 통보했고, 검찰은 이를 근거로 강 씨에게 자살 방조 혐의를 뒤집어 씌어 기소했으며, 법원은 이를 인정 징역 3년형에 처하고 만다.
당시 이 사건으로 민주화운동 진영은 도덕성에 큰 상처를 입게 되며, 노태우 정권은 최대의 위기를 모면하게 된다. 전민련 관계자를 비롯한 민주화운동 진영에서는 사건 발생 직후부터 검찰의 사건 조작을 규탄하며 저항했으나 무위로 끝났고, 오히려 서준식 씨 등 사건 진상규명을 위해 노력했던 인사들이 구속된다. 1992년에는 전국연합 등 12개 단체가 '유서사건 강기훈씨 무죄석방을 위한 공동대책위원회'를 구성하여 활동하여 검찰과 법원에 대항하였고, 민변은 공동변호인단을 구성하여 적극적인 변호에 나섰으며, KNCC 인권위는 일본의 문서감정 권위자를 초청하여 국과수의 문서감정 결과를 과학적으로 반박하기도 했으나, 검찰과 법원은 이를 모두 무시했다. 사건 당시 수사 지휘책임을 맡았던 강신욱 당시 서울지검 강력부 부장검사는 2002년 국회 인사청문회에서 이 사건과 관련한 추궁을 당했으나 대법관에 임명되어 지금도 대법관 자리를 지키고 있다. 또 대법원 판사로 강 씨의 유죄 확정판결에 참여했던 윤영철 대법관은 현재 헌법재판소 소장으로 있다.