의문사법과 시행령은 의문사위가 피해자의 피해회복과 의문사의 재발방지 등을 위해 국가가 해야 할 조치를 대통령에게 권고하도록 규정한다. 총51개항의 권고는 과거 인권유린 실태에 대한 진상규명과 사회정의 실현, 피해보상과 명예회복을 위해 필요한 사항을 총망라하고 있다. 다음은 주요 권고사항.

◎계속적인 진상규명 : '국가폭력과 인권침해 진상규명을 위한 기구' 설립, 공안기관의 문서에 대한 정부기록보존소 보관과 공개에 관한 법령마련

◎정의실현 : 국가기관의 사과와 가해자 및 책임자 처벌, 중대한 인권침해 범죄의 공소시효배제 입법 마련, 국제형사재판소규정 비준

◎피해보상 : '인정'사건이 아닌 경우 외에도 위법한 공권력행사로 인해 피해를 입은 의문사유족 모두에게 국가배상차원의 보상.

◎수사 : 영장실질심사제 확대, 기소 전 구속기간 단축, 피의자에게 변호인의 조력을 받을 수 있는 기회 실질적 보장, 자백의 증거능력 엄격히 제한

◎사인확인 : 독립적인 검시기관 설립, 검시제도 법규정비와 전문가양성

◎교도소 : 양심과 사상을 이유로 한 수용자 차별처우 폐지, 사회보호감호제 폐지, 집필과 서신검열의 제한 법제화, 계구사용 구체화, 징벌관련 법령의 인권침해 가능성 최소화

◎군 : 군시설에 대한 사망사건 유족접근 보장, 사망사건 전담 조사위원회 상설화, 군검찰과 헌병 등 독립성보장, 대체복무제 도입, 인권교육 필수화

◎그 외 : 국가긴급권 관련 제반 법률의 인권침해 요소 정비, 국가보안법의 개폐, 준법서약제 폐지, 학생과 공무원에 대한 인권교육, 국가범죄내용의 교과서 수록, 정부기관과 공공도서관에 위원회 보고서 비치