｢천주교정의구현 전국사제단｣(공동대표 김병상 신부 등, 사제단)은 21일 가톨릭회관에서 기자회견을 갖고 “박홍 신부의 발언이 사실이 아닌 편견과 무지에 의한 것”이고 “청와대발언과 이후 기자회견 내용은 그리스도의 사제이며, 대학총장인 지성인으로서 기본적인 양심과 상식을 이탈한 망상의 표현”이라고 주장했다.

사제단은 “한총련이 주사파들에 의해 조종을 받는 단체가 아니라, 민족의 현실을 고뇌하는 청년학생들의 자치적 결사라고 생각”한다며 “‘남한의 학생운동이 김정일에 의해 직접 조종을 받고 있다’는 주장은 박홍 신부의 편견적 예단이며 ‘무지의 폭력’이라고 말할 수 있다”고 주장했다. 사제단은 또 “박신부는 지난 83년 한국교회사회선교협의회(사선) 사건과 91년 ‘유서대필’ 사건 당시에도 공안정국에 편승해 민주세력탄압에 빌미를 제공”해 “사제단에서 그를 불러 엄히 문책하고 꾸짖은 바 있지만 형제적 애정으로 대외적으로 발표하지 않았다”고 밝혔다.

또 ｢한국기독교교회협의회 인권위원회｣(위원장 김상근, 한교협 인권위)도 이날 ‘박홍 총장의 청와대 발언과 경찰의 연세대 도서관 난입에 대한 관한 우리의 입장’이라는 성명을 통해 “91년 ‘유서대필’사건 때 그의 말이 얼마나 유효하게 이용되었는지 기억에 생생하다”며 “박신부는 성직자와 교육자로서의 이성을 찾아 제자들과 학부모, 국민들에게 사과할 것”을 촉구하였다. 한교협 인권위는 또 “현재와 같이 공안정국을 유발하여 구속, 무력진압만을 통치수단으로 하는 것은 이 사회를 5·6공시대로 후퇴시키는 일”이라고 주장하였다.

｢전국대학생대표자협의회 동우회｣(회장 이인영, 전대협 동우회)도 이날 오전 서강대에서 기자회견을 갖고 “박 총장의 주장은 구체적 근거가 빈약한 것”이라고 지적하고, 발언에 대한 즉각적 해명과 사과 등을 요구했다.

전대협 동우회는 “우즈베크공화국 타슈켄트에서 북한 사람들이 남한 학생운동권에 팩스를 보내 북한의 지령을 전달하는 것을 보았다”는 박 총장의 주장에 대해 “박 총장이 현장을 봤다는 3년 전에는 전대협 사무실에 팩시밀리가 없었다”며 사실과 다르다고 밝혔다.

한편 18일 회동에서 “우리학교 총학생회장은 ‘마르크스 레닌주의보다 주사파에 매력이 더 느껴진다’고 면회간 나에게 말했다”고 발언한 것으로 알려진 성균관대학교 장을병 총장은 21일 민가협 회원들에게 “그런 발언을 한 적이 없고 오찬회동지에 면회를 한 일도 없다. 언론에 정정 보도를 요청했다”고 전했다.