노동부는 '서울경기인천 이주노동자노동조합'(아래 이주노조)이 서울지방노동청의 노조 설립신고서 보완 요구를 모두 충족시키지 못했다는 이유로 6월 3일 이주노조의 설립신고를 반려했다. 이주노조는 지난 4월 24일 창립한 이후 5월 3일 노동부에 노조 설립신고서를 제출했다. 하지만 서울지방노동청은 5월 9일 △임원 명단 공개 △사업장 주소와 대표자·조합원 명단 공개 △총회 회의록 공개를 요구하며 이주노조에 노조 설립신고서 보완을 요구하며 노조 설립을 지연시켜왔다. 이에 이주노조는 "조합원 중에 미등록이주노동자가 많은 상황에서 조합원 명단을 공개하라고 하는 것은 조합원들에 대한 탄압으로 이어질 수밖에 없다"며 반발했다. 또한 "조합원 명단을 공개하는 것이 노조설립에 필요한 의무사항도 아니다"라며 임원 명단과 총회 회의록만을 공개하고 조합원 정보는 공개할 수 없다는 내용의 답변서를 5월 31일 서울지방노동청에 제출했다. 이에 노동부가 이주노조 설립신고에 대해 반려를 통보해온 것.
7일 명동성당 들머리에서 열린 '이주노조 탄압, 인간사냥 강제추방 규탄 기자회견'에서 민주노동당 비정규철폐운동본부 이해삼 본부장은 "노동자라면 누구나 노조를 설립할 수 있음에도 불구하고 노동부는 노조설립을 사실상 '허가제'로 운영하며 이주노조에 대해 '불허'를 판정했다"며 "노동부는 조건 없이 이주노조를 인정할 것"을 주장했다. 민주노총 김지예 부위원장도 "한국 정부가 1991년에 가입한 ILO 조약에 따르면 모든 이주노동자들은 결사의 자유를 갖고 있다"며 "민주노총은 이번 ILO 총회에서 이주노동자의 권리 침해와 관련해 한국정부를 제소할 것"이라고 밝혔다. 외국인이주노동자대책협의회, 한국이주노동자인권연대 등 기자회견 참가단체들 역시 "산업연수생제도, 고용허가제 등 현대판 노예제도를 운영하고 있는 현 정부가 이주노조 설립신고서를 반려한 것은 이주노동자들의 기본적인 노동권을 철저히 짓밟겠다는 의도를 분명히 드러낸 것"이라며 강력하게 반발했다.
한편 지난 5월 14일 연행된 이주노조 아노아르 위원장 강제연행 관련 담당부서인 법무부장관 역시 인권사회단체들과의 면담을 거부해 "이주노동자 인권침해 문제를 해결할 의지가 있기는 한 것이냐"며 빈축을 샀다. 인권사회단체들은 이주노조 위원장 표적 연행을 규탄하고 이주노동자들의 노동권 탄압 문제를 해결하고자 5월 31일 법무부장관과의 면담을 요청했으나 법무부는 '이주노조 위원장은…통상적인 불법체류자 단속활동에 따라 단속된 것일 뿐 일부 주장처럼 노조결성을 주도한 이유로 표적단속된 것이 아니다'는 답변만을 반복하며 결국 면담을 거부했다. 민주노총 미조직비정규사업실 김혁 국장은 "이러한 정부의 태도는 대화를 통한 합리적인 문제해결은 외면한 채 정책적인 오류만을 반복하겠다는 것"이라고 정부의 성의 없는 태도를 비판했다.