십여년 넘게 계속되고 있는 인권침해가 그칠 줄 모르고 계속되고 있다. 수마트라 섬 북쪽 끝에 위치한 아체에서는 지난 89년 이래 6천여 명의 사상자와 15만 명 이상의 난민을 남긴채 분리독립 운동가들과 인도네시아 경찰의 충돌이 계속되고 있다. 무장독립 투쟁은 89년 수하르토에 의한 아체주 군사작전지역 선포, 동티모르의 독립운동으로 더욱 격화되었고 그에 따라 살인, 방화, 성폭력, 고문, 협박, 유괴, 납치 등 인권을 유린하는 거의 모든 형태의 범죄가 사법적 단죄 없이 자행되어 왔다.

아체의 분리독립운동은 다른 지방의 독립운동과는 다른 배경을 지니고 있다. 아체는 인도네시아의 다른 지역과 같이 17세기이래 네덜란드 식민지배에서 독립투쟁을 벌여왔다. 아체가 독립을 원하는 이유는 석유와 그에 따른 경제적 이익에서 찾을 수 있다. 아체는 인도네시아 전체 액화천연가스 수출의 1/3, 석유의 1/5을 공급하고 있다. 인구 약 4백만의 아체주(전체 인구의 2%)가 중앙정부예산의 13%를 대고 있는 것이다. 그러나 아체에게 돌아오는 것은 5%남짓의 지방세뿐이다. 게다가 분리독립 운동을 이끌고 있는 자유아체운동(GAM, Gerakan Aceh Merdeka)은 아체인들에게 아체가 역사적으로 독립된 왕국이었다는 사실을 강조하고 있다.

자유아체운동 측과 인도네시아 군경의 계속된 갈등은 심각한 인권침해를 유발하고 있다. 지난 20일 발표된 Human Rights Watch 보고서는 아체 반군과 인도네시아 정부 모두에 인권침해 책임이 있다고 기술하고 있다.

아체에서 반군과 정부군 모두 제복을 입지 않고 민간인으로 위장하여 활동을 한다. 따라서 양측은 자신들의 범죄를 민간인의 소행으로 위장하거나 대원들의 피해를 상대방에 의한 민간인 학대로 비난하는 것. 또한 양측모두 폭력배나 다름없는 사람들을 정보원으로 이용하고 있다. 인도네시아 군 정보원으로 알려진 암폰 타이브는 2000년 12월에 발생했던 고문살해 사건의 용의자이며, 자유아체운동 측 정보원들은 민간인 착취에 더 많은 관심을 보이고 있다고 많은 NGO들은 밝히고 있다. 또한 상호간의 살해와 보복은 끝없이 자행되고 있다. 지난 8월 초 아체 한 마을에서 인도네시아 경찰관의 부인이 살해되자, 경찰은 그 마을 주민 2명을 사살하고 1백여 개의 가옥과 상점을 불태웠다. 메가와티가 대통령선서를 할 당시에도 인도네시아 군경은 자유아체운동이나 SIRA(Sentral Informasi Referendum Ache, 아체주민투표중앙정보소) 관련자를 색출, 재판도 없이 처형하기도 했다.

Human Rights Watch등 여러 인권단체들은 인도네시아 정부에 대해 위법행위 중단과 국제인권조약 존중, 집회․결사․표현의 자유 등 기초적 인권보장, 아체주민 피해사례와 범죄행위에 대한 조사 및 인권법정 설립들을 촉구하는 한편, 자유아체운동 측에도 민간인 및 비전투원 보호 등을 요구하고 있다.