먼저 과거사법의 조사대상이 도마 위에 올랐다. 과거사법은 '진실규명의 범위' 가운데 하나를 "대한민국의 정통성을 부정하거나 대한민국을 적대시하는 세력에 의한 테러·인권유린과 폭력·학살·의문사"(제2조 1항)로 규정하고 있다. 이른바 인혁당 사건으로 사형당한 고 하재완 씨의 부인 이영교 씨는 "하재완 열사를 비롯한 여덟 분은 유신헌법의 위헌성을 함께 이야기한 것으로 인해 '민청학련을 배후에서 조종한 인혁당, 공산주의자'라는 조작으로 대법원의 판결이 난 후 재심의 기회도 없이 다음날 새벽에 형장의 이슬로 사라졌다"며 "살아남은 가족들에게는 또다시 아픈 기억만을 들추는, 아니 오히려 다시 한번 죽이고자 하는 법에 다름없"다고 호소했다. 이 씨는 "독재정권하에서 민주화 운동을 하였던 모든 사람들은 거의 예외없이 '정권의 정통성'을 부인하면서 투쟁하였고, 그 결과는 국가보안법이라는 법망에 덧씌여 '대한민국의 정통성'을 부인하는 자들로 처벌받았"다고 지적했다.
이에 대해 한상범 전 의문사진상규명위원회 위원장은 "만일 내용처럼 조사가 이루어진다면 국가보안법으로 처벌을 받았던 민주화운동가들과 인혁당 사건 등도 대한민국의 정통성을 부인하는 동조 세력으로서 조사를 받고, 또한 이러한 내용이 공개됨으로써 또 한번 사회적으로 사형 선고를 받아야 하는 이중 처벌 대상자가 될 것"이라고 비판했다.
이어 확장판결을 받은 사건은 진실규명 범위에서 제외한다는 규정의 문제점도 지적됐다. 허영무 전 진보당 서울특별시당 조직부장겸 상무위원은 1958년 조봉암 사법 살인 사건에 대해 "조봉암 선생은 이념적 대립으로 이승만 정부에 의해 구체적인 증거 없이 간첩 등으로 몰려 정치적으로 희생되었다"고 증언했다. 한 위원장은 "과거사법 제2조 2항에 따르면 진실규명 범위에 해당하는 사건이라도 법원의 확정판결을 받은 사건은 제외한다"며 "조봉암 사법 살인 사건 등에 있었던 독재하에서 행해진 법원의 잘못된 확정판결은 문제 삼아야 된다"고 주장했다.
또 증언대회에서는 과거사위 조사권한의 한계와 함께 관계기관의 비협조 문제도 넘어서야 할 벽으로 지적됐다. 박종덕 전 의문사진상규명위원회 조사3과장은 "과거사법은 출석요구에 정당한 사유없이 3회이상 응하지 아니 할 때 동행명령증을 발부할 수 있으나, 의문사법이 그랬듯이 단지 과태료 부과 정도의 미약한 제재으로는 관련자가 출석을 거부할 경우 실질적인 진상규명이 불가능하다"며 "어렵게 위원회에 나와서 조사를 받게 된 경우조차 당사자가 허위진술을 할 경우 적절하게 대응할 수 있는 방법이 없다"고 한계를 지적했다.
박 과장은 과거사위가 실지조사의 대상인 기관 등에 대하여 필요한 자료나 물건의 제출을 요구할 수 있으나 "지난 의문사진상규명시 1984년에 일어난 허원근 일병 의문사 사건과 관련해서 기무사령부가 보관중인 마이크로필름 자료 등을 협조하기로 약속하고도 '확인되지 않는다', '파기되었다'며 돌연 협조를 거부했다"며 "구체적인 진술과 근거 자료를 가지고 자료요청을 하여도 관련 정보기관들은 관련성이 없다는 등의 이유를 들어 자료협조를 거부하면 뚜렷한 해결책이 없다"고 관계기관의 비협조 문제를 지적했다.